《ENCprime》(ENCprime)Unix/Linux/Win32[压缩包]

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中文名: ENCprime英文名: ENCprime资源格式: 压缩包版本: Unix/Linux/Win32发行时间: 2002年09月03日制作发行: John Novembre
The Regents of the University of California (Regents). All Rights Reserved.地区: 美国语言: 英文简介:


这是一个生物信息软件，没有兴趣的朋友就不要往下看了。
ENCprime中包括两个相关的子程序，分别为：SeqCount和ENCprime。此程序所需序列格式为FASTA。密码子可以根据NCBI:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c#SG4
自由选择，也可自己制做。
1．SeqCount：此程序所计算序列格式为FASTA格式。可以计算两方面的数据。一是所给序列的每种密码子或单核苷酸的数量；二是计算每种密码子或单核苷酸的百分比。
2．ENCprime：此程序所计算的数据是以SeqCount的输出结果为基础的。所以在计算时需要先运行SeqCount才以进行这一步。可以计算如下数据：
Nc, the effective number of codons；
Ncp,the effective number of codons prime；
ScaledChi；
SumChi, the sum of the chi-square statistics
df, the corresponding number of degrees of freedom for that statistic；
p, the p-value for that chi-square statistic；
B KM, the B(a) measure of Karlin and Mrazek；
n codons, the number of codons for that sequence；
注意；所上传的两个包中一个以gz结尾的是Linux或Unix使用，另一个为Windows使用。
但我在使用时发现要把windows下的所有文件拷到linux下的文件夹中方可使用。
里面还有一个英文说明，不难，做生信的应该能看懂。
这是计算每种密码子或单核苷酸的百分比的截图，格式要把自动换行去掉，再自己手动修改一下才容易看清楚。


这是原软件所在地：
http://www.eeb.ucla.edu/Faculty/Novembre/s...are.html